A Ilha de Santa Catarina com seu Porto de Nossa Senhora do Desterro foi uma das principais portas de entrada para o Brasil Meridional. Suas duas excelentes baías, que constituíam um ancoradouro ideal em qualquer vento, e a dócil população nativa permitiram à ilha se tornar um porto de abastecimento e um ponto de apoio estratégico para o Atlântico Sul e para a Baía do Prata.

Os primeiros registros do povoamento europeu na Ilha de Santa Catarina datam do início do século XVI e coincidem com a abordagem intensiva de exploradores de madeira, aventureiros e estrangeiros de diversas procedências e origens, que acorreram ao litoral brasileiro, tentando configurar a posse e ocupação jurídica do território.

Estes viajantes europeus transitaram e estacionaram na ilha e sua imponente Baía dos Patos, mais tarde conhecida, em alusão ao estreito que tem entre as baías do Norte e do Sul, pelo nome de Y-Jurirê Mirim. Esta gente, não deixou o mínimo núcleo de população no lugar, porquanto o seu único objetivo era a exploração das riquezas que constava existirem no Prata. A ilha que permanecia habitada apenas por índios, passou a receber diversos nomes, entre eles, Ilha dos Patos, e Meyembipe, palavra indígena que significa ilha costeira.

Inicialmente foram alguns náufragos, degredados, desertores e contrabandistas de madeira, provenientes também das primeiras expedições portuguesas e espanholas ao sul do Brasil que se fixaram na região próxima do que viria a ser Desterro. A população nativa local, composta por índios carijós, foi gradativamente abandonando as terras insulares e se dirigindo para o interior do continente fronteiro.

A partir de 1530, o território entre o Maranhão e Santa Catarina foi dividido em 12 faixas lineares, limitadas a leste pelo Atlântico e a Oeste, pela linha convencional das Tordesilhas. A Ilha de Santa Catarina foi então incluída na Capitania de Santo Amaro e Terras de Sant´Ana, numa extensão de território que ia desde Cananéia até Laguna, e foi doada a Pero Lopes de Souza, por volta de 1534, quando se iniciou um pequeno povoamento. Isto possibilitou o início da ocupação oficial da costa catarinense, através da fundação de diversas vilas, entre elas Nossa Senhora do Rio São Francisco (1658), Nossa Senhora do Desterro (1662) e Santo Antônio dos Anjos da Laguna (1682).

A fundação efetiva da Póvoa de Nossa Senhora do Desterro ocorreu por iniciativa do bandeirante paulista Francisco Dias Velho, por volta de 1651. Em 1675, Dias Velho ergueu uma cruz e, em 1678 deu início à construção da capela de Nossa Senhora do Desterro. A igreja primitiva definiu o centro do povoado e marcou o nascimento da Vila de Nossa Senhora do Desterro, podendo ser considerada o berço de Florianópolis. Aos poucos foi se processando uma ocupação litorânea, lenta e espontânea, por meio da concessão de sesmarias, que se fixaram com seus estabelecimentos agrícolas e pastoris.

A morte do fundador, ocorrida entre 1679 e 1680, provocou certa recessão no povoado e o extenso território, de precária delimitação, foi paulatinamente ocupado por novos moradores. Por volta de 1700, alguns povoadores viriam de São Francisco do Sul, Paranaguá, Cananéia, Santos e São Vicente, o que não chegou a arrancar o povoado da estagnação.

Um estímulo oficial aconteceria com a elevação à Vila, em 1726. Já em 1730, com a criação da Freguesia, o pequeno núcleo populacional foi reconhecido como capaz de alguma organização. O núcleo central da ilha denominada Santa Catarina passou a ser chamado Freguesia de Nossa Senhora do Desterro, depois simplesmente Desterro.

A partir da fundação da Colônia de Sacramento (1680) e da consequente necessidade de dar-lhe cobertura militar, a ilha catarinense passou a representar um ponto estratégico de importância para a Coroa Portuguesa. A sua posição era valorizada por situar-se praticamente a meio caminho entre Rio de Janeiro e Buenos Aires, na época as duas maiores cidades litorâneas da face atlântica da América do Sul. A localização geográfica e as vantagens físicas do porto desterrense impuseram-se às razões políticas e econômicas, justificando a criação da Capitania da Ilha de Santa Catarina (11/08/1738) e motivando a implantação do mais expressivo conjunto defensivo litorâneo do Sul do Brasil e, posteriormente, uma campanha de povoamento.

O Brigadeiro José da Silva Paes foi designado à frente da Capitania (05/08/1738) e organizou o seu sistema de defesa. Construíram-se as fortalezas de Santa Cruz, na Ilha de Anhatomirim (1738), de São José da Ponta Grossa (1740), de Santo Antônio na Ilha de Ratones Grande (1740), e de Nossa Senhora da Conceição da Barra do Sul (1740).

Com este evento, o afluxo populacional tomou impulso, incrementando-se novas doações de sesmarias. De outra parte, a criação de cargos públicos promoveu a vinda de titulares graduados com suas famílias, dando lugar às primeiras guarnições e estimulando o paulatino reerguimento da Vila.

O efetivo povoamento da região foi enriquecido com a campanha migratória que transferiu em torno de 6.000 colonizadores açorianos para o sul do país e meia centena de madeirenses, principalmente no período de 1748 e 1756. Estes colonos criaram e desenvolveram comunidades, fundando diversas freguesias, tais como a da Santíssima Trindade, a da Lagoa da Conceição, a de Santo Antônio de Lisboa, a de São João do Rio Vermelho, a de Canasvieiras, e a do Ribeirão da Ilha. Posteriormente, os açorianos também se dirigiram para o território continental e para o Rio Grande do Sul.

Até as primeiras décadas do século XX a Ilha de Santa Catarina era dividida entre quatro pólos principais a saber: a Freguesia de Santo Antônio de Lisboa, ao Norte, as Freguesias da Lagoa da Conceição e da Vila Capital ao centro e a Freguesia do Ribeirão da Ilha, ao sul. No continente, a centralização era representada pela Freguesia de São José da Terra Firme e Freguesia da Enseada do Brito.